מכון קהילות הוא ארגון ללא כוונות רווח המסייע להקמתן ולביסוסן של קהילות חילוניות ופלורליסטיות ברחבי העולם היהודי, ובפרט בקרב ישראלים החיים בתפוצות. ערכי המכון חופפים במידה רבה לערכי קומזיץ. המוטו שלהם הוא שכל קהילה צריכה להיבנות על-ידי האנשים המרכיבים אותה, ולהישען בראש ובראשונה על רצונותיהם, כישוריהם וכישרונותיהם. ל”קהילות” צוות עמיתים בעלי ניסיון בתחומים הרלוונטיים: יזמות חברתית ומנהיגות, הקמה והובלה של קהילות,  תכנון ותקצוב, חינוך והוראת עברית וניהול מפעלי חברה ותרבות. הם מעניקים ליווי, הדרכה ותמיכה למנהיגים ולפעילים מקהילות חדשות וותיקות המעוניינים לייסד ולהוביל קהילתיות וחוסן קהילתי. זאת, באמצעות סדנאות הכשרה והשתלמויות, ליווי אישי ומקצועי ויצירת שותפויות עם גופים נוספים. לפני כשלוש שנים התחלנו בשיתוף פעולה עם מכון קהילות  אמסטרדם. במסגרת שיתוף הפעולה השתתפנו בסדנאות ובמפגשים שתרמו ליכולות שלנו לקדם את הפעילות של קומזיץ